Die jüdische sakrale Musiktradition zu pflegen und einem größeren Hörerkreis zu erschließen, war das Ziel von Oberkantor Werner Sander, als er den Leipziger Synagogalchor 1962 gründete. Im Mai 1963 fand das erste Konzert in Dresden statt. Vermittelt durch die Konzert- und Gastspieldirektion Leipzig sang der Chor in Halle, Erfurt, Karl-Marx-Stadt, Dresden, Berlin und Leipzig. Auch in Jüdischen Gemeinden war der Chor zu Gast. Nach der Erweiterung des Chorrepertoires um jüdische Folklore erschien 1965 die erste LP ‘Meisterwerke der Synagoge und das jüdische Volkslied’, die in die BRD und die USA übernommen wurde. Für den Berliner Rundfunk gestaltete der Chor eine Reihe von Sabbatfeiern.

Nach Sanders Tod im Juli 1972 wurde der Tenor Helmut Klotz, der bereits als Solist mit dem Chor aufgetreten war, zum künstlerischen Leiter berufen. Er übernahm nun die Rolle des jüdischen Kantors und sang die Tenorsoli aus dem Dirigat heraus. Unter seiner Leitung entwickelte sich das Ensemble zu einem semi-professionellen Konzertchor mit hohem künstlerischen Anspruch, der eng mit anerkannten Solisten und Orchestern zusammenarbeitet. Seit April 2012 wird die künstlerische Leitung des Leipziger Synagogalchores durch Ludwig Böhme fortgeführt.

Die zunehmende Konzerttätigkeit im In- und Ausland war Ausdruck für die wachsende Wertschätzung der künstlerischen Arbeit des Ensembles, das bei zahlreichen protokollarisch bedeutsamen Veranstaltungen wie dem Gedenkkonzert für Yitzhak Rabin 1996 in Berlin und dem Konzert in der Dresdner Frauenkirche im Rahmen der Eröffnungsfeierlichkeiten 2006 mitwirkte. Seit 1980 gestaltet der Chor den ökumenischen Gottesdienst in der Leipziger Thomaskirche zum Gedenken an die Opfer der Reichspogromnacht vom 9. November 1938 mit.

Bis zur deutschen Wiedervereinigung war der Verband der Jüdischen Gemeinden in der DDR der Träger des Chores; zur Unterstützung des Ensembles erhielt er Fördermittel aus dem Kulturfonds der DDR. Seit 1991 ist der Leipziger Synagogalchor ein eingetragener, gemeinnütziger Verein und wird institutionell vom Kulturamt der Stadt Leipzig gefördert.

Dem (seit 1990 ehrenamtlichen) Engagement und besonderen Idealismus der etwa 30 Sängerinnen und Sänger aus unterschiedlichen Berufsgruppen ist ein Großteil des Erfolgs zu verdanken. Der Chor wurde mit zahlreichen Auszeichnungen – u. a. 1981 mit dem Kunstpreis der Stadt Leipzig und 1988 mit dem Stern der Völkerfreundschaft in Gold, einer der höchsten staatlichen Anerkennungen in der DDR – geehrt. 2017 erhielt das Ensemble den Sonderpreis für herausragende Leistungen der Obermayer German Jewish History Awards.